지난 11일(토), 서울대학교 교직원과 용역직원, 청원경찰 등 약 200여 명이 ‘행정부서 이사’라는 명목으로 서울대학교 행정관(본관) 앞에 집결하였다. 서울대 측은사다리차와 그라인더를 동원해 학생들이 점거한 본관으로 진입하였다. 건물에 진입하는데 성공한 직원들은 점거농성을벌이고 있던 서울대학교 학생 약 30명을 강제로 끌어내었다. 이 과정에서 학교 측과 학생 간의 물리적 충돌이 발생하여 학생 2명이 병원으로 이송되고, 출혈 및 타박상을 입은 학생들이 속출하는 등 부상자가 다수 발생하였다. 본관 1층에서 학교와 학생들의 대치상황이 진행되는 한편, 4층에는 12명의학생이 고립되었고 이들은 식수와 식품조차 제대로 공급받지 못하였다. 이에 학생들은 4층에 고립된 학생들에게 식료품을 전달하려 했지만 직원에 의해 저지당했다. 학교와 학생의 대립이 심화되자 학교직원과 학생이 서로에게 소화분말과 물을 분사하는 사태까지 벌어졌다. 한 학생이 직원을 향해 소화기 분말을 발사하자 이에 격양된 직원이 학생들에게 물을 분사하여 진압을 시도한 것이다. 학교 본부 측은 소화전 사용이 소화기 분말로 인한 가스를 진정시키기 위한 조치였다고 해명했다. 그러나 학생들은 소화전이 진입을시도하는 학생들에게 직사되었으며, 이는 학생들을 진압하기 위한 목적이었다고 비판했다. 이후 대치상황이 점차 소강상태에 접어들자 서울대 처장단은 1층 농성을 푸는 조건으로 4층에 있는 학생들을 1회에 한해 교대해주겠다고 제시하였다. 그러나 서울대학교 부총학생회장은 “학교 측의 제안은 사실상 다른 학생들을 감금시키라는 것이다.”라며 153일간 이어진 본관 점거를 해제하기로 결정했다. 이후 점거본부는 학교 측을 규탄하는 기자회견을 열었다. 본부점거본부장 윤민정(서울대 정치외교학부15) 학우는 “당신들이 오늘 한 일이 어떻게 평가받을지 똑똑히 확인하길 바란다.”라며 “오늘 공동체에 남긴 상처는 평생 부끄러워해도 모자란다.”라고 학교 측의 행태를 비판했다.

  이어 지난 13일(월)에는 서울대학교 재학생 약 2,000여 명이 모여 천막농성, 자유발언 등을 이어가며 학교와의 투쟁을 이어갔다. 이에 대응해 지난 14일(화), 서울대학교 단과대학장, 전문대학원장 및 자유전공학부장 일동은 학교와 학생 간에 발생한 물리적 충돌에 대해 학생들을 비판하는 내용의 성명서를 발표하였다. 이들은 행정관으로의 이사는 행정 업무 정상화를 위한 정당한 조치였음을 강조하며, “물을 뿌린 것은 얼마든지 피할 수 있는 것이었음에도 불구하고, 이를 왜곡하여 마치 평화적인 항의에 대해 진압한 것처럼 오도하는 것은 사실과 어긋나는 비윤리적 언행이다.”라고 학생들을 비판했다. 한편 지난 16일(목), 본부점거본부는 서울대학교 재학생 약 5,000여명의 서명이 담긴 ‘서울대학교 학부생 5000명 공동연서명 대자보’를 발표하며 성낙인 총장의 사퇴를 요구하였다.